Les Etats membres, via la réglementation, encouragent l'élaboration des guides de bonnes pratiques d’hygiène nationaux et communautaires, basés sur les principes de la méthode HACCP.

Les guides de bonnes pratiques hygiéniques sont des documents de référence, d'application volontaire, conçus par les filières professionnelles de la chaîne alimentaire pour les professionnels. Chaque guide de bonnes pratiques d’hygiène rassemble les recommandations spécifiques au secteur auquel il se réfère. Ces documents recommandent des moyens, des méthodes adaptées, des procédures dont la mise en oeuvre doit aboutir à la maîtrise des exigences sanitaires (réglementaires ou non) lors de la préparation, de la transformation, de la fabrication, du conditionnement, du stockage, du transport, de la distribution, de la manutention et de la vente ou mise à la disposition du consommateur des denrées alimentaires. Ils permettent aussi aux professionnels d'harmoniser les règles d'hygiène pour un secteur d'activité.

Les guides de bonnes pratiques sont élaborés en accord avec les dispositions définies dans le règlement 852/2004, les guides élaborés précédemment conformément à la directive 93/43 restant applicables dès lors qu’ils sont compatibles avec les objectifs énoncés dans le nouveau règlement.

Les guides de bonnes pratiques d’hygiène sont évalués par les états-membres afin de s’assurer qu’ils ont été élaborés dans le respect du règlement 852/2004 et que leur contenu peut être mis en pratique dans le secteur auquel il est destiné.  En France, ils sont communiqués pour avis à l'AFSSA (Agence française de sécurité sanitaire des aliments), puis présentés au CNC (Conseil National de la Consommation) pour information avant publication au  Journal Officiel.